وضعت إدارة البرنامج بالوحدة نظام متابعة للمشروعات الممولة كآلية مقننة للمتابعة والتقويم للتأكد من جودة تنفيذ أنشطة تلك المشروعات وتحقيق مخرجاتها طبقا للضوابط والأسس المرجعية المحددة. وتقوم إدارة البرنامج بمراجعة نظام المتابعة باستمرار وفقا لاحتياجات العمل و تقدم أداء المشروعات الممولة ويتم نشر المعلومات الخاصة بالمتابعة على الموقع وإتاحتها للفئات المستفيدة حيث ترتكز مهام المشاركين في المشروعات والجامعات والمحكمين والمقومين ولجنة المشروع على أنشطة المتابعة والتقييم يتم كما هو موضح بالشكل التالي